El objetivo principal del Plan Maestro se enmarca en la capacidad técnica y financiera de las instituciones para implementar la gestión integrada de suelos, agua y bosque y lograr un manejo integral de los recursos naturales para bienestar de la población. El plan sirve como marco de orientación para la toma de decisiones de las acciones del gobierno con una amplia participación de los actores locales, el sector privado, los usuarios finales de los bienes y servicios ambientales de las diferentes regiones y comunidades del país, y la cooperación internacional. Busca como potenciar el desarrollo de las buenas prácticas basadas en estas experiencias exitosas bajo un marco estratégico nacional vinculado a los territorios y zonas críticas. Bajo sus líneas estratégicas inciden tres procesos claves: 1) Gobernanza, 2) Gestión de conocimiento y 3) Implementación de prácticas sostenibles.