Se estudió el parentesco genético entre los grupos de compatibilidad vegetativa (GCV) de F. oxysporum sp. Cubense mediante secuenciación de ADN nuclear y dos mitocondriales en una colección de 70 aislados que incluyen 20 GVC del patógeno y otras formas específicas no patógenas. Relaciones filogenéticas entre F. oxysporum f. sp. cubense y otras formas específicas de F. oxysporum y relaciones entre los GVC´s y las razas de F. oxysporum f. sp. cubense mostraron claramente que la capacidad de F. oxysporum f. sp. cubense de causar enfermedades en el plátano, hay una posibilidad de que los linajes tengan origen sexual reciente.