Se evaluó 7 grupos de compatibilidad vegetativa (VCGs) de tres razas patógenas altamente virulentas (cv. Grande Naine), aisladas durante en estudio de campo. Se realizó la alineación comparativa de los genomas de R1 y R4 con algunos resultados falsos positivos en el hallazgo de marcadores moleculares altamente disponibles, los genes putativos específicos de cada raza identificaron genes que codifican productos secretados en el xilema (SIX) que pueden ser necesarios para el desarrollo de la enfermedad en el plátano, los marcadores específicos para Foc R1, R4, TR4 y STR4 no mostraron amplificación cruzada con otras razas de Foc, VCGs o patógenos del plátanos, y pueden ayudar a detectar el patógeno en planta, los marcadores encontrados muestran alta utilidad en la gestión eficaz de la enfermedad.