Clasificar a los pequeños productores agrícolas según su eficiencia técnica y desempeño económico permite evaluar el potencial para mejorar el rendimiento del cultivo de quinua, promover la seguridad alimentaria local y mejorar los ingresos rurales. Por consiguiente, el objetivo de este estudio fue caracterizar y clasificar a los productores de quinua en el Altiplano peruano con base en sus atributos productivos, económicos y sociales, de modo que se puedan analizar la eficiencia técnica y el desempeño económico de los grupos identificados. Para ello, se emplearon 409 encuestas realizadas entre productores de quinua en la región de Puno para realizar el análisis estadístico utilizando técnicas de conglomerados en dos etapas, frontera estocástica, regresión lineal y pruebas ANOVA. Los resultados revelaron que tres grupos de productores presentaron variables discriminantes en el uso de fertilizantes, fertilizantes orgánicos, control de malezas, aplicación de fungicidas, producción de quinua, área total de todos los cultivos y obtención de beneficios económicos. Se evidenció que el uso de semillas y fertilizantes, en cantidades óptimas, incrementó el rendimiento y, en combinación con las ventas de quinua, fueron las variables significativas para diferenciar la eficiencia técnica. Los altos Andes se caracterizan por minifundios, agricultura de subsistencia y conservación de la agrobiodiversidad y, aunque las prácticas de cultivo son predominantemente de baja eficiencia técnica, sería posible aumentar rápidamente el desempeño agrícola con una mejor asignación de insumos externos. Sin embargo, esto podría hacerse dentro de los límites regionales; por esta razón, el papel de la política pública es muy importante para que los productores puedan acceder a insumos de producción y servicios técnicos de manera más amplia.