El Programa de Pesca y Fomento a la Acuicultura es el responsable de rectorar el subsector pesquero y acuícola, para optimizar beneficios económicos y sociales y propiciar competitividad y sostenibilidad en el aprovechamiento y protección de los ecosistemas marino-costeros, y de agua dulce, Dentro de las acciones de este programa se destacan: a)Emisión de carnés de operación a productores y comercializadores del rubro, para la realización legal actividades de: pesca artesanal, pesca deportiva, pesca industrial, buzos de pesca, embarcación artesanal avanzada, capitán, marinos, asalariados, de comercio (minorista, mayoristas, supermercados, restaurantes), entre otros. b) licencias de pesca, es un permiso especial concedido a pescadores artesanales e industriales, propietarios de empresas, para realizar actividades específicas como ser: la extracción de langosta, camarón, caracol, escama, nodrizas y arte de pesca buzo. c) informes de la evaluación de volumen de las especies marinas de valor comercial del pepino de mar, y caracol gigante. d) capacitación en normativa pesquera, entre otros.
