El programa de Protección y Conservación de la Diversidad Biológica se encarga de promoción y generación de políticas, estrategias, leyes, protocolos, normativas y reglamentos para el fomento y regulación de la protección de los ecosistemas terrestres y acuáticos, Los resultados del programa son: a) propuestas técnicas de protección de Sitios RAMSAR: El objetivo de esto es la conservación de la diversidad biológica, mediante un enfoque de ordenamiento territorial y el mantenimiento de los bienes y servicios ambientales existentes en el territorio nacional, y en cumplimiento a los compromisos que tiene Honduras como país miembro del tratado internacional RAMSAR. b)compilación de datos sobre los sitios RAMSAR denominados: Sistema de Humedales de la Isla de Guanaja; Sistema de Humedales de la zona sur de Honduras; y Sistema de Humedales Laguna de Zambuco (SH-LZ), c) Elaboración de instrumentos técnicos y normativos en la temática de biodiversidad.
