El Programa de Producción y Mejoramiento Animal tiene por finalidad impulsar la producción de animales de alta calidad genética para beneficiar a los productores a nivel nacional del rubro pecuario. El programa es investigativo y productivo en las áreas de porcinocultura, tilapia, apicultura y ovinos, donde se busca evaluar diferentes tecnologías relacionadas al desarrollo de la actividad y la producción y comercialización de pie de cría y animales de engorde de alta calidad genética. Líneas de trabajo de investigación, desarrollo productivo y transferencia de conocimientos: a) Porcicultura: El proyecto potencia las capacidades productivas de los productores ubicados en diferentes zonas del país, por medio de una oferta de capacitación en temas de alimentación, reproducción y buenas prácticas productivas. b)Piscicultura: se cuenta con lagunas de reproducción para ofertar genética de las especies de tilapia roja y negra. c)Apicultura: se cuenta con cajas de producción comercial de miel para ofertar capacitación. d)Ovinos: se establecerá una granja de reproducción ubicada en la Estación Experimental Playitas Comayagua, para ofertar genética pura ejemplares puros y comerciales de las razas de ovinos