El eje de Modernización de las Instituciones del Sector Agropecuario busca fortalecer la infraestructura y capacidad institucional mediante una serie de intervenciones públicas. Estas incluyen la actualización de la normativa relacionada con el bienestar animal, donde el objetivo es reformar la Ley de Bienestar de los Animales para mejorar la coordinación y asignación de recursos. Además, se propone la modernización de procesos en el Servicio Nacional de Salud Animal (Senasa), utilizando herramientas diagnósticas que permitan un uso eficiente de los recursos. El Instituto Nacional de Innovación y Transferencia en Tecnología Agropecuaria (INTA) también se reorganizará para optimizar sus funciones y facilitar las actividades de investigación y transferencia de tecnología. Adicionalmente, se impulsará la reorganización de otras entidades clave como el Servicio Fitosanitario del Estado (SFE) y el Servicio Nacional de Aguas Subterráneas, Riego y Avenamiento (Senara), promoviendo estructuras más ágiles y eficientes. Se mejorarán los servicios de extensión agropecuaria, con un enfoque en el desarrollo de capacidades y la implementación de modelos integrales de extensión. La creación de expedientes digitales para la investigación en el INTA y la digitalización del registro de agroquímicos son también componentes fundamentales de este eje, los cuales facilitan el acceso a información crítica para el sector. Por último, se destacan esfuerzos por mejorar la infraestructura digital y la eficiencia operativa mediante el fortalecimiento de plataformas como InfoAgro, un sistema de información para el sector agropecuario. Este eje contempla la modernización del Consejo Nacional de Producción y el programa de abastecimiento institucional, lo cual facilitará la comercialización y mejorará el acceso de pequeños y medianos productores a mercados mayoristas.