Es el instrumento operativo que viabiliza la implementación de la PNGIBSE a través de la ejecución de acciones concretas y coordinadas intersectorial y regionalmente, orientadas a disminuir las presiones directas e indirectas sobre la biodiversidad y sus servicios ecosistémicos. Las metas planteadas abordan acciones de fortalecimiento de la institucionalidad ambiental regional; fortalecimiento de los sistemas de áreas protegidas; promoción de modelos de desarrollo local sostenible y crecimiento verde; generación de incentivos que promuevan la protección y recuperación de ecosistemas estratégicos; fortalecimiento de los sistemas de información ambiental; acuerdos y programas intersectoriales que permitan abordar la problemática regional y localmente; lo cual incluye avanzar en el desarrollo de estrategias como el pago por servicios ambientales, programas de reconversión agropecuaria, programas sectoriales ecoeficientes, programas de desarrollo sostenible con criterios de sostenibilidad ecológica, programas de educación y fortalecimiento de los mecanismos de participación democrática (por ejemplo consultas populares y audiencias ambientales).